Ойраты, усилившиеся к XV в., в течение длительного времени вели борьбу за власть над всей Монголией и объединение страны. Ойратскому первому министру (тайши) Тогону (1418—1440) при Великом хане Тайсуне в 1434 г. удалось разгромить войска восточномонгольского тайши Аругтая при Адай-хане и объединить Монголию. Ставленник ойратов Тайсун оказался во главе объединенной Монголии благодаря своему министру. Сын Тогона Эсэн (1439—1455), занявший место покойного отца в 1439 г., выступил в поход против Китая в 1449 г. с целью заставить Китай установить с Монголией прочные и выгодные экономические отношения. Одержав победу в решающем сражении в районе г. Хуайлай в Чахаре, он взял в плен китайского императора Ин-цзуна. В 1450 г. был заключен мир между монголами и Китаем. Но Эсэн, провозгласивший себя Великим ханом в 1451 г., был убит вскоре, в 1455 г., восточно-монгольскими князьями, противниками централизации, поднявшими мятеж. Страна вновь распалась на ряд княжеств. Второе кратковременное объединение Монголии было связано с именем Даян-хана (1466—1504).
Господство натурального хозяйства, отсталость экономики, основанной на экстенсивном кочевом животноводстве, отсутствие центров ремесла и торговли являлись препятствием для преодоления феодальной раздробленности и создания централизованного государства.
Политическая раздробленность страны и феодальные распри между отдельными монгольскими князьями облегчили завоевание Монголии маньчжурскими завоевателями в XVII в.
