Нарастающая угроза поставила Дон в необходимость пользоваться помощью Москвы, и некоторая часть московских войск была введена в пределы Дона. Недостаток средств также принуждал казаков обращаться все время за помощью к Москве, а прибывавшее жалованье оказывалось недостаточным. На Дону жить нечем: «Государева жалованья на дуване досталось по куску на человека, а иным один кус, денег по 30 алтын, сукна по два аршина человеку, а иным по аршину и этим прокормиться нельзя».
Султан требовал, чтобы Москва, по примеру Польши, изгнала казаков с Дона. Московская дипломатия вела уклончивую политику в казачьем вопросе, потому что Дон становился базой для наступательной войны против Турции и Крыма. И казачество по-прежнему оставалось военным лагерем, т. к. земледелия на Дону не было. Казакам запрещалось владеть землей ив справедливости опасений, что владение землей породит неравенство в казачьей среде. И, кроме того, земля отвлекала бы казаков от военного дела. Но вопрос земледелия ставится самой жизнью и уже к началу царствования Алексея Михайловича порядок этот начал нарушаться, что и вызвало со стороны казачьей власти наказ, подтверждавший запрещение земледелия под страхом смертной казни.
Нарождающаяся потребность изменений быта сталкивалась с сложившимися обычаями казачества. Но судьба Дона все более и более становилась в зависимость от воли царя. Рост московского государства, усиление его мощи, развивавшиеся международные сношении Москвы, Турции, Польши и других государств ставили решительно предел независимости казаков. Донское казачество должно было все более и более считаться со сложившимся положением и идти по пути добровольного подчинения Москве. С 1645 года количество московских войск, присылаемых Москвой на помощь Дону, все время увеличивалось. Целью усиления войск была не только защита Дона, но и подготовка к войне против Крыма и Турции. В отношении Крыма московские послы говорили, что с крымскими ханами ведутся сношении только благодаря дружбе с султаном, но на все военные действии со стороны Крыма Москва будет отвечать тем же. Но отношении с Турцией становились натянутыми из-за пограничных стычек с крымцами. Но, с другой стороны, донские казаки, несмотря на закрытое устье Дона, проникали в Черное море и доходили до Трапезунда и Синопа. Уверении московских послов, что казаки — люди вольные, Москву не слушают, — цели не достигали и ответственность за из набеги возлагалась на Москву. Пойманный турками донской казак под пыткой сказал, что на Дону, у казаков в Черкасском, приготовлено 300 стругов, да на Воронеже говорят, к весне будут готовы до 500, и по государеву указу, казаки и московские войска должны идти на Крым и крымские улусы. Московских послов в Константинополе посадили в крепость. Действительно, на Дону, в 1646 году, велась подготовка к походу на Крым. Воеводы Ромодановский и Пожарский собирали войска в Астрахани и южных окраинах московских владений и имели приказание идти на Дон и соединиться с воеводой Кондыревом и казаками с целью идти на Азов. Визирь предупреждал московских послов, что если казаки хоть в небольшом количестве появятся на море, то «сожгу вас в пепел и, если хотите живыми быть, посылайте гонцов». Турция к этому времени при помощи Польши освободилась от угрозы нападений со стороны днепровских казаков и решила произвести расправу с донскими. Против Дона из Крыма Турцией производились все время походы, и от Москвы категорически требовалось убрать казаков. Донское и днепровское казачество находилось под влиянием одних и тех же причин, но судьба их шла различными путями.
Территории днепровских казаков составляла окраины литовско-польского королевства, а на территории днепровских казаков жило крестьянство и городское население — составлявшее слободское население. Рекой Днепром территория делилась на право и левобережную. Слободское население занимало и прилегающие к Приднепровью области бывшего киевского княжества, Червонной Руси, с Львовом, Белоруссией и полоцким краем, заселенным русскими православного исповедания, которые во время монгольского господства подпали под власть Лингвы, а затем Польши. С усилением Польши казаки подвергались вмешательству польских королей во внутренние дела казаков. Но не простым для поляков делом оказалось насильственное превращение русского населения в униатов.
Польские порядки вызывали противодействие со стороны православных, доходившее до открытых народных восстаний, и главными силами в этой борьбе были днепровские казаки. В 1635 поду польскими войсками было нанесено казачьей «вольнице» решительное поражение. Большая часть примкнувшего к казакам населения, была уничтожена, 1200 казаков были превращены в реестровых, а около 3 000, с гетманом Остраницей, ушли в пределы московского государства, основали город Чугуев, положив начало казачьего и слободского населения левобережья Днепра. Непоколебимым оплотом казаков осталось Запорожье, но, чтобы прекратить их набеги на Крым и турецкие владении, поляки восстановили Кодак. Продолжавшиеся насилии Польши в отношении русского населении и казаков усиливали их переход на левобережье. Войсковым писарем в составе правлении реестровых казаков был Зиновий-Богдан Хмельницкий. Он родился в 1595 поду и был сыном сотника реестровых казаков. В детстве он получил хорошее образование: знал польский и латинский языки. В 1620 поду, в битве с татарами, отец его был убит, а Богдан взят в плен, пробыл два пода в Турции, научился турецкому языку и познакомился с их обычаями. Возвратившись в Польшу, он служил в кабинете короля и был хорошо известен в Запорожье. С 1632 пода жил в своем имении Суботово. Он неоднократно входил в посольство казаков к королю. После разгрома казаков поляками в 1638 поду Хмельницкий стал писарем реестровых казаков в Чигирине. В 1645 поду был послан королем во Францию для переговоров по доставке казаков на службу Франции в войне против Испании. Возвратясь ив Франции, был в походе против татар с Вишневецким и Концепольским. В его отсутствие польский шляхтич Чаплинский напал на его имение, сжег часть его владений, убил десятилетнего сына и захватил жену. Хмельницкий отправился с жалобой в Варшаву к королю, но король помощи оказать ему не мог, дал только совет, что «против силы, — надо применять силу». Король дал также ему саблю, сказал: «Вот вам королевский знак, когда придет время, будьте на поганцев и моих ослушников во всей моей воле». К 1647 году был заключен общеевропейский союз для изгнания турок из Европы. Польский король Владислав IV примкнул к этому союзу и стал вести подготовку для похода. Сенат, заподозрит короля в сношениях с казаками, отказал ему в помощи для войны с Турцией и назначит над ним следствие. Хмельницкий, возвратясь ив Варшавы, стал готовиться к войне с Польшей. Король переехал в Вильну и прислал Хмельницкому, под предлогом подготовки к войне с турками, 1700 злотых, на которые Хмельницкий обещал выставить 12 000 казаков и построить 100 челнов. Он выехал из Чигирина в Запорожье. Коронный гетман Потоцкий выслал за ним погоню, но казаки перебили польских офицеров и присоединились к Хмельницкому.
Вокруг Хмельницкого стали группироваться сторонники, и брожение против поляков стало распространяться среди слободского населения. В 1647 году Хмельницкий отправился в Бахчисарай с целью войти в союз с крымским ханом против Польши. Хан не хотел вступать в войну с Польшей и направил Хмельницкого к перекопскому мурзе Тугай Бею, но о замыслах Хмельницкого сообщил Вишневецкому. Оставив сына заложником в Крыму, Хмельницкий с мурзою Тугай Беем явился в Сечь. Здесь он был избран гетманом. Было собрано 9 000 низового войска и решено выступить против Польши. Движение против Польши включало различные общественные силы, основной силой были запорожские казаки, а к ним примыкало слободское и русское население. 22 апреля 1648 года, Хмельницкий с 7 тысячью казаков выступил из Запорожья, а за ним с татарами шел Тугай Бей. Когда в Польше были получены сведения о происходящем в Запорожье, то были приняты меры: коронный гетман Потоцкий расположился с войсками у Черкасска, а Калиновский — в Корсуне. На стороне поляков были реестровые казаки с подполковником Барабашем, которые вступили в переговоры с Хмельницким.
Передовые польские войска встретились с войсками Хмельницкого у Желтых вод. После трехдневного боя, 5 мая, поляки понесли страшное поражение: они потеряли 127 офицеров и 8 520 рядовых, а гетманы, Потоцкий и Калиновский, были взяты в плен. После этой победы Хмельницкий подошел к Белой Церкви и разослал Универсалы с призывом к восстанию против шляхты, жидов и католичества, после чего поднялось все русское население и казаки. Образовалось несколько «гайдамацких загонов», которые и пошли гулять во всех направлениях.
Во время смуты умер король Владислав. Против Польши на стороне Хмельницкого были и татары. Польша, по договору с Москвой против Турции, обратилась к ней с просьбой о помощи и царь приказал отправить на помощь Польше 400 войска против татар. После первых успехов Хмельницкий остановил военные действия, вошел в сношении с польским правительством и отправил первое обращение к московскому царю. В Варшаву было отправлено 4 старшины с пунктами, заключавшими требовании казаков. Они требовали смягчении участи русского населении и увеличении реестровых казаков до 12 000 человек. Против казачьих требований выступил Вишневецкий, казачьих: послов задержали в Варшаве, и приняли решение продолжать войну с казаками. Главным воеводой был назначен кн. Острожский.
Снова начались военные действии, в которых Хмельницкий овладел Луцком. Клевенью и другими городами на Волыни. Польские войска заняли город Константинов и остановили наступление казаков. Но на помощь Хмельницкому подошли татары и среди поляков распространилась паника благодаря слухам, что татары появились у них в тылу. Казаки использовали этот момент, напали на поляков и уничтожили два полка. Польские воеводы, оставив войска, бежали, и войско последовало их примеру. Казаки захватили обоз с большими припасами и Хмельницкий пошел на Львов, где вместо штурма получил с него большой выкуп и пошел на Замостье.
К этому времени королем Польши был избран Ян Казимир, брат умершего Владислава, который приказал Хмельницкому отступить от Замостья. Хмельницкий, лично знакомый с Казимиром, как будто довольный, что корона досталась именно ему, ослушался его приказа. Он отступил от Замостья и торжественно въехал в Киев. К нему прибыли польские послы для переговоров, окончившиеся ничем, и военные действии продолжились. Хмельницкий был в зените славы. Через Киев в Москву проезжал иерусалимский патриарх и благословил его на борьбу с Польшей. Московский гонец привез подарки от царя. От польского короля снова прибыли послы, но переговоры не привели к соглашению, сейм решил продолжать войну против казаков, и польские войска вступили в Подолию.
Начиная войну с Польшей, Хмельницкий обращался к донским казакам с просьбой о помощи. Теперь, когда военные действии против поляков приняли серьезный оборот, к Хмельницкому подошли татары, под начальством самого хана Гирея, и 600 донских казаков. Хмельницкий с этими войсками осадил поляков в Збраже. На помощь осажденным подошел сам король и отрешил Хмельницкого от гетманства. Но Хмельницкий, оставив часть войск для продолжении осады, с частью казаков и татар двинулся против короля, и, окружив его войска предложил переговоры. Было заключено два договора: с казаками и татарами.
Казакам давались прежние права и количество реестровых казаков доводилось до 400. Чигирин передавался гетману Хмельницкому и дана амнистия всем восставшим. Польские войска выводились из всех казачьих мест, а жидам запрещалось жить в казацких землях. Военные действия были прекращены. С ханом Польша заключила мир, по которому польский король обязался заплатить хану 300 злотых, и одновременно — 2000 злотых. Татары, ограбив киевскую область, ушли к себе. В 1650 году сейм утвердит Збровский договор паны стали возвращаться в свои владения и мстить оставшимся холопам, грабившим их имении. Збровский договор выгодный, на первый взгляд, также вызывал недовольство, так как число желающих быть казаками превысило 400. А главное недовольство вызывал сам Хмельницкий. В нем видели сторонника польских порядков. Это недовольство проявлялось, главным образом, среди левобережной части населении. Под давлением этого настроении Хмельницкий снова должен был искать поддержку крымского хана. Он вошел с ним и с Турцией в сношении, обещая за поддержку отдаться под покровительство Турции. От Польши он потребовал выполнении Зборовского договора. Требование это вызвало возмущение среди вельможного панства, и было принято единодушное желание вести против него войну. Хмельницкий обратился за помощью к Москве. Москва потребовала от Польши улучшении условий православного населении, но Москве было известно о сношениях Хмельницкого с Крымом и Турцией, и за ним было установлено тайное наблюдение.
